京の三閣
   銀閣寺。

室町幕府8代将軍足利義政は文明5年（1473年）に子の足利義尚に将軍職を譲り、 文明14年（1482年）から東山の月待山麓に東山山荘（東山殿）の造営を始めた。この地は、応仁の乱で焼亡した浄土寺（現・浄土院）のあったところであり、近代以降も左京区浄土寺の地名が残っている。義政が山荘造営を思い立った当初（1465年）は、実際の造営地の約1キロメートル南、南禅寺子院の一つであった恵雲院（戦国時代に廃寺）の所在地を考えていたが、応仁の乱後に変更された。

当時は応仁の乱が終了した直後であり、京都の経済は疲弊していたが、義政は庶民に段銭（臨時の税）や夫役（労役）を課して東山殿の造営を進め、書画や茶の湯に親しむ風流な隠栖生活を送っていた。造営工事は義政の死の直前まで8年にわたって続けられたが、義政自身は山荘の完成を待たず、工事開始の翌年である文明15年（1483年）にはここに移り住んでいた。東山殿には会所、常御所、釣秋亭、竜背橋、泉殿、西指庵、漱せん亭、超然亭などの大規模な建物が建ち、義政の祖父で第3代将軍足利義満が建てた北山殿（後の鹿苑寺）ほどではないが、ある程度政治的機能も持っていた。ただし現存する当時の建物は銀閣と東求堂（とうぐどう）のみである。

延徳2年（1490年）2月、同年1月に死去した義政の菩提を弔うため東山殿を禅寺に改め、相国寺の末寺として創始されたのが慈照寺である。寺号は義政の院号である慈照院殿にちなみ「慈照院」とされたが、翌年「慈照寺」に改められた[3]。なお、造営自体が完了したのは義政死去後である。

戦国時代中期の天文19年（1550年）には第12代将軍足利義晴とその子で第13代将軍義輝により慈照寺の裏山に中尾城が築かれ（短期間で廃城）、末期には前関白近衛前久の別荘にもなったが、これは慈照寺6世の陽山瑞暉が前久の弟だったことによる。前久の薨去後の法名は東求院龍山空誉であった。前久の死後は再び相国寺の末寺として再興された。 1952年（昭和27年）3月29日には庭園が、国の特別史跡および特別名勝に指定された。1994年（平成6年）12月17日には「古都京都の文化財」として ユネスコ世界遺産に登録されている。 かつて浄土寺の鎮守社で、後に慈照寺の鎮守社となった八神社が境内地の北にある。